Diseñado originalmente en 1985 para un proyecto de zonificación de uso del suelo y manejo de cuencas en Sumatra.
Para finales de 1988 la versión 1.0, basada
en el sistema operativo DOS, estaba ya operativa. Dos años después, ILWIS pasó a comercializarse al mismo tiempo que el ITC establecía una red de distribuidores a nivel mundial.
En 1996 se lanza ILWIS 2.0 para el sistema operativo Windows y cinco años después, a mediados de 2001 se libera ILWIS 3.0.
El 1 de enero de 2004 ILWIS 3.2 pasa a distribuirse como shareware. Desde Julio 1 de 2007, el programa ILWIS esta disponible gratuitamente (libre de cargos) como software de código abierto (binarios y código fuente) bajo iniciativa de 52°North (Licencia GPL). Esta versión del programa es llamada ILWIS 3.4 Open.
ILWIS actualmente está programado en Microsoft Visual Basic 6. El proyecto establece la migración a herramientas de compilación GNU (GCC). Una vez que esta migración esté terminada, el objetivo es dividir ILWIS Open en componentes individuales con el fin de que se pueda reutilizar las funcionalidades del programa y de su procesamiento de imágenes, además en Infraestructuras de Datos Espaciales (IDE).
